Très largement ouverte sur l'ensemble de son environnement, la Fédération de l'Entraide Protestante dialogue et coopère avec de nombreux partenaires.
La FEP est en particulier membre de :
La FEP est également membre du Collectif des associations pour le logement (CAL) et du label Église verte.
La FEP compte parmi les associations ayant contribué à la création de la première banque alimentaire en 1984. Elle développe un partenariat nourri avec ce réseau et est membre du conseil d'administration de la Fédération Française des Banques Alimentaires.
La FEP entretient un dialogue constructif avec les pouvoirs publics et notamment la Délégation Interministérielle à l'hébergement et à l'accès au logement (DIHAL) et la Direction Générale de la Cohésion Sociale (DGCS).
Enfin, la FEP est membre de EAPN, réseau européen anti-pauvreté ; elle coopère particulièrement et de façon étroite avec Eurodiaconia, groupement européen réunissant les acteurs de la diaconie et les mouvements protestants d’Europe, pour la promotion des politiques publiques d’équité et de justice, les programmes nationaux de réforme, la défense des migrants et des exclus.
