Dès le début du XIXe siècle, les protestants français se sont fortement investis dans l’aide aux personnes vulnérables, dans les domaines éducatif, sanitaire ou social.
Au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, les nombreuses institutions protestantes sont hétérogènes et éparpillées. Il va falloir près d’un demi-siècle pour que cette mosaïque s’organise et se regroupe au sein d’une « maison commune ».
En 1949, le protestantisme voit la constitution de la Fédération des œuvres évangéliques (FOE) dans les départements de l’Alsace et de la Moselle, suivie un an plus tard, par celle de la Fédération des institutions chrétiennes (FIC, , rassemblant les institutions présentes dans le reste de la France. Cet élan s’inscrivit dans le contexte de l’immédiat après-guerre : il fallait remettre en état les bâtiments endommagés, recruter des cadres compétents, se moderniser et s’adapter à un environnement renouvelé avec la mise en place d’un système public de protection sociale.
La FOE, et la FIC, poursuivaient un triple objectif :
- rapprocher les institutions diaconales et les Églises issues de la Réforme, en rappelant aux paroisses les devoirs sociaux d’une Église vivante ;
- partager les expériences ;
- représenter leurs adhérents face aux pouvoirs publics.
Au cours des « Trente Glorieuses », les cadres dirigeants et le personnel se professionnalisent. A l’époque, cela préoccupe les dirigeants associatifs qui s’alarment des risques de sécularisation des institutions et de la perte de leur référence protestante. En 1982, la FIC adopta le nom de Fédération protestante des œuvres (FPO).
L’Entraide protestante fédération nationale (EPfn) voit le jour, dans le contexte de la mobilisation pour faire face aux conséquences de la crise et à la « nouvelle pauvreté ». Elle est immédiatement reconnue par l’Etat comme la tête de réseau nationale des associations protestantes engagées dans la lutte contre l’exclusion. Elle peut ainsi bénéficier de dotations de l’État pour susciter ou encourager des initiatives locales.
Lors d’un congrès commun, la FPO, la FOE et l’EPfn prennent l’engagement de se rapprocher pour offrir un service et un témoignage communs. L’EPfn qui fédérait 200 institutions est reconnue d’utilité publique le 19 février 1990.
L’EPfn prend le nom de Fédération de l’Entraide Protestante (FEP) en 1998. Sa charte est amendée et complétée pour tenir compte de l’ensemble des composantes de la fédération unifiée. L’union régionale Grand Est adoptera la dénomination de FEP Grand Est en 2011.
A partir de 2001, la FEP entame un processus de régionalisation avec la mise en place de comités régionaux et la création de fonctions de secrétaires régionaux. Aujourd’hui, elle est composée de six régions, animées par des bureaux régionaux.